Struktura organizacyjna Służby Wywiadu Wojskowego została określona w nadanym przez Ministra Obrony Narodowej w 2008 r. statucie SWW, ostatnio zmienionym zarządzeniem MON z dnia 2 maja 2016 r.
W skład Służby Wywiadu Wojskowego wchodzą następujące jednostki organizacyjne:
- Gabinet Szefa
- Departament I
- Departament II
- Departament III
- Departament IV
- Departament V
- Biuro Ochrony i Osłony
- Biuro Finansowo-Logistyczne
- Biuro Kadr
- Biuro Prawne
- Biuro Ewidencji i Archiwum
- Centrun Kształcenia
- Samodzielny Audytor
Organizację wewnętrzną i szczegółowy zakres zadań jednostek organizacyjnych Służby Wywiadu Wojskowego określają regulaminy organizacyjne jednostek Służby Wywiadu Wojskowego.